（1）2005年12月31日（含）前，纳税人实际取得工资、薪金所得，无论税款是否在2006年1月1日以后入库，均应适用原税法规定的费用扣除标准每月800元，计算缴纳个人所得税。
（2）自2006年1月1日起，纳税人实际取得的工资、薪金所得，应适用新税法规定的费用扣除标准每月1600元，计算缴纳个人所得税。
举例说明如下：
某单位于2005年12月28日向一员工发放当年12月份的工资1300元，并扣缴其应纳的个人所得税款，在2006年1月5日缴入国库。由于该纳税人实际取得工资的时间是2005年12月31日（含）之前，因此，应适用800元的费用扣除标准来计算缴纳个人所得税，即扣缴个人所得税25元。
该单位又于2006年1月9日向该员工发放2006年1月份的工资1400元，按照规定，这笔在2006年1月1日以后取得的工资薪金所得，在计算个人所得税时可减除费用1600元，因此不用缴纳个人所得税。
2006年1月12日，该单位再向该员工发放年终一次性奖金5000元，由于该员工当月工资薪金所得低于1600元（只有1400元），因此，应将年终一次性奖金减除当月工资与费用扣除额1600元之间的差额后，余额按照《国家税务总局关于调整个人取得全年一次性奖金等计算个人所得税方法问题的通知》（国税发[2005]9号）规定的方法，计算缴纳个人所得税。据此，单位在发放这笔年终一次性奖金时，应扣缴个人所得税240元。
计算过程为：应纳税所得额：5000-（1600-1400）=4800元；
确定适用税率和速算扣除数：应纳税所得额4800元除以12后为400元，适用税率为5%，速算扣除数为0；
应纳税额：4800×5%=240元。
