事发后，台湾当局的处理速度较慢，直到6月12日下午，台湾当局发言人王郁琦代表马英九发表四点声明：强调钓鱼台（即钓鱼岛，下同）是“中华民国”领土；坚持维护钓鱼台主权的决心从未改变，也绝不改变，对日方也提出严正抗议；要求日本立即释回船长及提出赔偿。

　　台湾当局忽硬忽软

　　6月15日，台湾“驻日代表”许世楷应台湾“外交部”的指示返回台湾，这是近年来台湾当局首次召回“驻日代表”。同日，台湾当局宣布将派火力最强的“基德”舰赴钓鱼岛宣示主权，刘兆玄在“立法院”接受质询时甚至表达了“不惜一战”的态度。

　　台湾的强硬反应，显然出乎很多日本人的预料。日本民间舆论对此反应强烈，有网民在网上发表评论称：“竟然谈到开战，并召回具有大使类似身份的官员，这是对日本明确的敌对行为！”甚至有右翼分子发出这样的帖子：“台湾如果中国化，中国对太平洋进出的大门就打开了，美国和日本还保护台湾做什么？”

　　但是，当被日本逮捕的台湾渔船船长只是被日方扣留3天就获得释放后，台湾当局的激昂语气又似乎低沉下来，原本规划派出的“基德”舰换成了火力最小的“拉斐特”舰，刘兆玄也公开了收回“不惜一战”的说法。台湾媒体对当局这种忽软忽硬的作为极不满意，质疑马英九还是当年保钓的“热血青年”吗？

　　联手保钓呼声再起

　　事件发生后，大陆方面第一时间表示对事件的关切，除不满日船撞台湾船外，再次强调钓鱼岛主权属中国。与此同时，台湾民间纷纷出现两岸联手“保钓”的呼声。

　　事实上，海峡两岸在钓鱼岛问题上，一直保持着相当的默契。

　　1970年，美国宣布要把琉球群岛的管辖权交给日本，同时把钓鱼岛“送”给日本，日本遂派出军队赴钓鱼岛巡逻。对此，中国大陆方面和蒋介石当局都马上表示抗议。台湾爱国青年及海外华人还发动了轰轰烈烈的“保钓运动”。次年，周恩来还私下会见了台湾五名“保钓”勇士，对他们的行为表示赞赏。

　　此后，无论是1979年日本在钓鱼岛上修建直升机场，还是1996年日本青年社在钓鱼岛设置灯塔等挑衅事件，都引发海峡两岸的强烈抗议。2007年3月，在两岸共同施压下，早前宣称要乘坐日本军机到钓鱼岛海域“视察”的日本冲绳县知事仲井真弘多，最后以“天气欠佳”为由延迟出行。

　　是软是硬马英九陷两难

　　然而，以目前形势来看，两岸全面合作、联手“保钓”的时机还未成熟。

　　马英九在日本一直有“反日”的名声。在钓鱼岛问题上，马英九曾经是1970年台湾保钓运动的“热血青年”，许多人都看到过马英九头绑白布带，上街抗议日本，要求保卫钓鱼岛的照片。马英九的博士论文也是关于钓鱼岛问题的。有分析认为，日方在海协、海基两会举行历史性会谈关键性时刻制造危机，意在“警告”马英九，不要在两岸关系上走得太快。虽然马英九多次表示自己并非“反日”，但缺乏事实的“证明”，日方故意制造事端，测试马英九的底线。

　　台湾台北大学郑又平教授表示，“在两岸关系还远未达到绝对互信的情况下，若台湾在钓鱼岛问题上和大陆合作，台日关系将陷入恶化。此外，美国方面也不太愿意看到马英九与大陆走得太近。”

　　也有分析认为，两岸若联手“保钓”，恐引发岛内深绿民意反弹。因为两岸联手“保钓”意味着钓鱼岛的主权同属于两岸，由于“主权”具有排他性，一个地区的“主权”只能属于一个国家，此举也会被深绿人士解读为“马英九承认两岸同属于一个国家”，被他们炒作成“卖台”。而所谓“两岸通过交换钓鱼岛相关水文和周边的情报”的“军事合作”，更因两岸还远未达到军事互信的程度，在短期内难以实现。